Czym jest badanie WES?

Ja zacznę od jednego. Jak każda moda na badania,gdy się pojawia to ma swoje argumenty, by ja robić. Teraz za nią stoją ludzie medycyny. Najgorsze z tego jest, że każą to robić, a potem nic z tego nie wychodzi jak ostatnio w Lublinie, Warszawie czy Łomży. Zatem pojawiają się pytania: co to jest WES, czy warto to robić i czym to się różni od innych badań genetycznych. Postaram się to wytłumaczyć.

Zaczynamy od wytłumaczenia skrótu WES. Jest to po angielsku whole exome sequencing , czyli sekwencjonowanie całoeksomowe. Jest to  analiza sekwencyjna istotnej części genów tytułem zidentyfikowania zmian genetycznych mogących być powodem/przyczyną objawów chorobowych. Inaczej jest to badanie około 1% całego materiału genetycznego z tym, że analizuje ona krytyczne miejsca/geny kodujące białka, a to oznacza że odpowiada za potencjalne błędy, choroby. Badanie to sprawdza około 85% takich miejsc krytycznych (genów).

Jednakże warto przeczytać to pamiętając, że “…część genomu odpowiadająca kompletnemu zestawowi eksonów organizmu lub komórki to eksom“:

“Sekwencjonowanie eksomu jest alternatywą dla sekwencjonowania genomu. Eksony stanowią 1% ludzkiego genomu. Porównanie sekwencji eksomu umożliwiło zidentyfikowanie genów będących siedliskiem mutacji odpowiedzialnych za występowanie niektórych chorób np. retinopatii barwnikowej, zespołów Freemana-Sheldona, Sensenbrennera, Millera, Shinzela-Giediona i Kubuki, odmian ataksji rdzeniowo-móżdżkowej, nieswoistych zapaleń jelit, wrodzonej łamliwości kości, choroby Charcota-Mariego-Tootha, niedorozwoju umysłowego, stwardnienia zanikowego bocznego^[1] oraz dysplazji przegrodowo-ocznej^[2]. ”

https://pl.wikipedia.org/wiki/Ekson

https://pl.wikipedia.org/wiki/Eksom

Zatem możemy sobie odpowiedzieć teraz, po tych definicjach, jaki jest zakres badawczy WES i jak to odnieść do innych analiz genetycznych, jak one dzięki temu się różnią..

1.Najszerszym badaniem jest WGS czyli whole genome sequencing. Po polsku analiza całego genomu. Jednakże jest to badanie drogie. Ekonomia mówi, że populacyjnie jest ona “finansowo nisko efektywna” czyli za droga do efektu jaki się otrzymuje.

2.WES whole exome sequencing czyli badanie całoeksomowe w porównaniu do WGS jest badaniem tańszym, ale nie badającym całego genomu, a jedynie punkty krytyczne, tak jak to opisałem powyżej.

3.Badanie polimorfizmów DNA jest kompletnie innym badaniem skupiającym się na poszczególnych genach tzw. SNP-ach. Jest badaniem analizującym warianty genów, ale nie mutacje jak to robi WES. Jak to mówi cytat poniżej WES jest narzędziem do szerokiej diagnozy CHORÓB tytułem analizy odchyleń, mutacji genów, gdy polimorfizmy DNA są analizą środowiskową zmienności poszczególnych genów. Ten test nie powie o chorobach genetycznych, jak to robi WES, ale mówi jakie odchylenia mają w swojej aktywności geny, które pod wpływem czynników środowiskowych, pomimo określonego kodu, działają albo szybciej, albo wolniej. Przekłada się to na choroby, predyspozycje żywieniowe.

Co badają: WGS, WES i testy polimorfizmów DNA? Ile genów jest analizowanych?

WGS analizuje cały materiał genetyczny bez względu na to, czy koduje on białka czy też nie. Jego rozległość, wielowymiarowość powoduje to, że dzisiaj używa się go de facto do określenia mutacji, czyli trwałych zmian powodujących choroby genetyczne i choroby metaboliczne. Jest to badanie drogie.

WES jest badaniem tańszym, koszt do około 12 000 pln, badającym 20 000 -23 000 genów w celu stwierdzenia mutacji genetycznych powodujących choroby…czyli jak badanie powyżej.

Panele DNA są najtańszym rozwiązaniem kosztującym do 1 500 pln, ale badają do 1 000 genów. Skupiają się na genie, jednym SNP. Zajmują się szczegółem, ale w dość wąskim horyzoncie analizy.

Jeszcze inaczej. Do czego służy WES, do czego może służyć test polimorfizmów DNA?

WES jest szerokim narzędziem medycznym służącym do określenia statusów genetycznych tzw. statusów chorób rzadkich, nie nadaje się do analizy czynników środowiskowych (epigenetycznych), tudzież do ustalenia np. diety. Nie bada też mozaiki, tytułem zbyt płytkiego sczytywania danych.

Inaczej panel DNA. To narzędzie skupia się wręcz na diecie, problemach z tym związanych i jakie rozwiązania możemy zastosować by skorygować te błędy. Nie zajmuje się badaniem mutacji.

Bardzo istotna różnica leży w analizie paneli. Kto tym się zajmuje?

Genetycy, którzy umieją je przeczytać? W WES tak należałoby powiedzieć, choć biorąc pod uwagę Wasze uwagi, to mamy tutaj do czynienia raczej ze stwierdzeniem: “jest czysto”, “jest problem”… i to koniec diagnozy. Ja zakładam, że są pojedyncze osoby, które mogą przeczytać z panelu więcej niż mówi to wynik wyrzucony z maszyny.

W przypadku paneli…łatwość analizy jest olbrzymia. Wynika to z dużej ilości specjalistów (dietetycy też), przystępnej grafiki i opisów, które wręcz wskazują na rozwiązania. Tutaj ta dostępność informacji jest tak duża, że nie ma ograniczeń co do ich interpretacji. Dobrym przykładem jest tutaj analiza wrażliwości na gluten. W panelach, biorąc pod uwagę ich opis, wskazania i komentarze, jesteśmy w stanie sami je przeanalizować. W WES nie jest to możliwe. Musimy znaleźć osobę, która to zinterpretuje, a takich po prostu w Polsce nie ma zbyt wiele.

Zatem czy warto robić WES?

Moim zdaniem nie, chyba że ktoś zapłaci w całości za to. Z tego badania w Polsce wynika, że mamy mutację, błąd genu lub nie. Nie ma osób, które mogłyby powiedzieć coś więcej na ten temat, ja takich nie znam.

Inaczej uważam, jeżeli chodzi o panele polimorfizmów DNA. Moim zdaniem jest to tani test dający jednoznaczne dane do interpretacji, nawet przez nas rodziców. Jest do zastosowania i daje wskazówki jak wspierać się tytułem danej zmienności. Ja polecam by robić, tym bardziej że zakres analiz i wnioski jakie z tego płyną są na tyle czytelne, że możemy je zastosować.