Efektywność polimorfizmów, czyli co powoduje polimorfizm w genach biorących udział w procesie metylacji.

Jeżeli popatrzymy na wszystkie Wasze pytania, jakie do mnie adresujecie, czy to w kontekście zdrowia dzieci, czy też w kontekście starań o dziecko, zawsze kierują się one w kierunku analizy polimorfizmów genów występujących w metylacji. Nie umiecie zadać prawidłowego pytania, ale czujecie, że problem polimorfizmów dotyczy tego o ile inaczej Wasze geny, pod wpływem zmiany “epigenetycznej”, pracują inaczej. Dzisiaj postaram się to doprecyzować tak abyście to zrozumieli.

1.POLIMORFIZM NIE OZNACZA JEDYNIE SPOWOLNIENIA PRACY GENÓW I W KONSEKWENCJI ICH ENZYMÓW. Oznacza to, że gen działa inaczej. Warto wiedzieć jak inaczej.

2.Badanie dotyczące tego jak inaczej działa mój gen, dzisiaj w istocie zamyka się na genach biorących udział w metylacji i genach odpowiedzialnych za neuroprzekaźniki. Pozostałe geny…albo nie rozumiemy jeszcze ich polimorfizmów, albo badania w ich kierunku są mocno spersonalizowane, zatem są drogie i trudne do wykonania.

3.Zatem zajmujemy się metylacją i poniżej najprostszy z wykresów dotyczący metylacji jakie umieszczałem na stronie:

http://www.zespoldowna.info/homocysteina-wieksza-niz-20-moll-i-co-dalej.html

4.Głównymi elementami tego procesu są aminokwasy oraz witaminy i minerały odpowiedzialne za ich produkcję. Z tej perspektywy, dla wiedzy jak wygląda cały proces można badać poszczególne substancje, choć wciąż wrażliwość diagnostyczna jest tutaj tematem dyskusji, jak i miejsce diagnozowania tego może być dyskusyjne, gdyż badamy osocze krwi, albo mocz a nie zawsze jest to równoznaczne z tym, że to jest miejsce najlepsze do diagnostyki braku, nadmiaru.

Tak wygląda panel aminokwasów przygotowywany przez ALAB.

A tak mogą wyglądać wyniki podstawowych biomarkerów metylacji ogólnodostępne w każdym laboratorium:

http://www.zespoldowna.info/homocysteina-pierwsze-badanie.html

5.Do tego by wiedzieć więcej musimy znać nasze geny i do tego służą różnego rodzaju panele genetyczne obejmujące swoim zakresem geny biorące udział w całym procesie metylacji.

Uwaga: badanie jednego genu MTHFR nic nie oznacza! Trzeba znać całą ścieżkę dotyczącą funkcjonowania metabolizmu, w którym dany gen uczestniczy by odpowiedzieć na kluczowe pytania.

Przykładowa strona takiego panelu może wyglądać tak:

6.Gdy już wszystko wiemy, to patrzymy na swoje GENY w pierwszej kolejności wg. określonej procedury. Nie zaczynamy od końca, środka…tylko zawsze od POCZĄTKU METABOLIZMU!

http://www.zespoldowna.info/homocysteina-wieksza-niz-20-moll-i-co-dalej.html

http://www.zespoldowna.info/?s=cykl+cysteiny

Tak obrazuje to Amy Yasko.

7.POLIMORFIZMY CYKLU CYSTEINY

W istocie są to dwa geny, poddawane tej analizie w tym kontekście: AHCY i CBS. Jednak zawsze należy uwzględniać geny będące w zależności od ich funkcjonowania takie jak np. GSS, BHMT,SUOX, NOS, MTHFR A1298C, SOD 1, SOD2.

http://www.zespoldowna.info/ahcy-i-poziom-homocysteiny.html

http://www.zespoldowna.info/jak-analizowac-badania-mthfr-uk-gen-cbs-glutation-amoniak.html

http://www.zespoldowna.info/analiza-metylacji-cz-bhmt-i-cbs.html

http://www.zespoldowna.info/analizujemy-metylacje-cz-10-od-cbs-przez-dyrk-1-a-do-girk2-czyli-praktyka-metylacyjna.html

http://www.zespoldowna.info/analizujemy-metylacje-cz-9-cbssuox-nosbhmt-w-zespole-downa.html

Dla uproszczenia tej analizy zajmę się tutaj jedynie tymi dwoma genami. Zatem co oznaczają polimorfizmy w tym przypadku:

AHCY

Według Amy Yasko musimy zwrócić uwagę na następujące polimorfizmy:

• rs819147 – AHCY-01 (Risk Allele: C)
• rs819134 – AHCY-02 (Risk Allele: G)
• rs819171 – AHCY-19 (Risk Allele: C)

Analizowane polimorfizmy są typologią spowolniającą proces i tworzącą blokadę konwersji adenozylohomocysteiny, przez co występuje zwiększona ilość metioniny, określana jako hypermetioniną. W efekcie cała metylacja jest wyhamowana i tworzą się nadmiary adenozylohomocysteiny, metylotransferazy nie otrzymują swoich grup metylowych negatywnie wpływając na replikację DNA, RNA, metylację białek i tłuszczy.

Ani Amy Yasko, ani badania szczegółowe nie precyzują mechanizmów i wartości pracy tego genu i jego enzymu.

CBS

Z perspektywy Amy Yasko szczególnie 3 polimorfizmy dla tego cyklu są istotne, które mogą w znaczący sposób zwiększyć szybkość pracy genu CBS, przez co w sposób istotny wpłynąć na pozostałe geny. Przyspieszenie polimorfizmu C699T uważa się za znaczne. Nie podaje się wartości tej akceleracji, ale wskazuje się na konieczność zbadania substratów typu amoniak, tauryna, które mogą hipotetycznie określić wartość tej zmiany powodującej przyspieszenie metabolizmu homocysteiny do cysteiny. Zaznaczam, że jest to wciąż dyskusyjne a  z mojej obserwacji i z Waszych badań nie jest to też jednoznaczne. Im więcej jest badań na ten temat, tym bardziej wskazuje się, że wszystkie polimorfizmy genu CBS z wyjątkiem wspominanego CBS C699T jednak są genami hamującymi stąd bierze się np. homocystenuria przy dodatkowych polimorfizmach genu PDXK ograniczającego konwersję witaminy B6 do poziomu P5P.

http://www.snpedia.com/index.php/Yasko_Methylation

8.POLIMORFIZMY SKRÓTU METYLACYJNEGO

http://www.zespoldowna.info/cholina-i-poprawne-dzialanie-genu-bhmt-jest-tak-samo-wazne-jak-kwasu-foliowego-i-genu-mthfr.html

Polimorfizm genu BHMT ma istotne znaczenie. Jest on “hamujacym” polimorfizmem, który nie tylko zaburza funkcjonowanie ścieżki za którą odpowiada “skrótu metylacyjnego”, ale jego hamowanie przekłada się też na funkcjonowanie całego cyklu cysteiny, tak opisanych przez Amy Yasko.

• rs585800 – BHMT-01 (ścieżka: T)
• rs567754 – BHMT-02 (ścieżka: T)
• rs617219 – BHMT-04 (ścieżka: C)
• rs651852 – BHMT-08 (ścieżka: A, 23andMe: T)

Produkty genu BHMT są kluczowe dla tzw. skrótu metylacyjnego, wspomagającego przekształcać homocysteinę w metioninę poprzez jej remetylację (grupy metylowe pochodzą od choliny, betainy, TMG). Gen ten działa gorzej pod wpływem stresu, wysokiego poziomu kortyzolu i może mieć przez to znaczenie w ADD/ADHD wpływając w ten sposób na noradrenalinę.

Dr.Yasko sądzi, że BHMT-02 i BHMT-04 odgrywają istotną role w układzie trawiennym. Uważa także, że BHMT-08 jest związany z tym jak stres ma wpływ na poziom uwagi człowieka.

Podobną rolę odgrywa gen DMGDH. Jeżeli polimorfizm jest spowolniony, to “korkuje” aktywność skrótu metylacyjnego.

9.POLIMORFIZMY CYKLU KOBALAMINY

Najważniejszym genem w remetylacji homocysteiny jest gen MTR. Nie MTHFR!, a właśnie MTR. Polimorfizm tego genu określany jako MTR A2756G jest kluczowy dla tego procesu.

http://www.zespoldowna.info/witamina-b12-a-witamina-b9-w-metylacji.html

http://www.zespoldowna.info/zbyt-duzo-kwasu-foliowego-a-za-malo-pozostalych-witamin-z-grupy-b.html

http://www.zespoldowna.info/witamina-b-12-jak-ja-regulowac.html

Polimorfizm MTR A2756G jest polimorfizmem “przyspieszonym” co powoduje bardzo szybkie wyczyszczenie grup metylowych dostarczanych przez metylokobalaminę, czyli witaminę B12 z grupą metylową. Jeżeli do tego mamy polimorfizm genu MTRR w szczególności MTRR A66G, który jest spowolniony, to ilość zregenerowanej witaminy B12 do postaci metylokobalaminy czyli witaminy B12 z grupą metylową dodatkowo maleje.

10.POLIMORFIZMY MTHFR

…no i właśnie w momencie, gdy mamy problem z polimorfizmem MTR, przyspieszonym, kluczowym jest stan genu MTHFR na ścieżce MTHFR C677T. On “musi” dostosować się do tempa pracy genu MTR i jego polimorfizmów.

Kwas foliowy jest wykorzystywany przez ten gen, napędzany witaminą B2, do dostarczenia grupy metylowej, która jest przyłączana do kobalaminy (witaminy B12), dzięki temu gen MTR doprowadza do remetylacji homocysteiny i zamiany jej do poziomu metioniny.

Gen MTHFR z jego polimorfizmem ma zatem kluczowe znaczenie dla witaminy B12 i jej grup metylowych. Ma jednak jedną wadę: jest spowolniony.

https://www.snpedia.com/index.php/MTHFR

Akurat w przypadku tego genu, co to znaczy to wiemy i tutaj pokażę kilka z sugestii dotyczących jak wpływa polimorfizm na MTHFR w jego dwóch wariantach MTHFR C677T i MTHFR A1298C:

https://selfhacked.com/blog/need-know-mthfr-genespolymorphisms-c677t-rs1801133/

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2729516/

Co to oznacza?

Jeżeli mamy w opisie obniżenie aktywności genu o 30-40% oznacza, to spowolnienie funkcji genu i o tyle brak np. grup metylowych na poziomie genu MTR, ujmując to najprościej jak można, choć nie jest to aż tak proste. Jeżeli brakuje kwasu foliowego, to także może to powodować przyspieszenie zarówno funkcjonowania genu MTRR, jak i BHMT jako ścieżek kompensujących braki na ścieżce metabolizmu kwasu foliowego

https://en.wikipedia.org/wiki/Downregulation_and_upregulation

The betaine-homocysteine methyltransferase (BHMT) pathway is upregulated in situations of low folate status during pregnancy and this is more widespread in late pregnancy. – Despite upregulation of the betaine-homocysteine methyltransferase (BHMT) pathway, elevated tHcy persists in the presence of low compared to …

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/10896698

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5085763/

Wadą tego podejścia jest fakt, że jest jedynie pewien punkt odniesienia analizowany w pewnym idealnym układzie. Analizując dane z poziomu aminokwasów i badań z krwi dopiero jesteśmy w stanie zestawić każde teoretyczne założenia do tego co te raporty nam przynoszą.

https://www.greatplainslaboratory.com/gpl-blog-source/2016/4/14/dna-methylation-pathway

W przypadku tego cyklu i zespołu Downa w szczególności należy wziąć pod uwagę funkcjonalność genu SLC19a1 często nazywanego przeze mnie RFC1A. Jego polimorfizm  SLC19a1 G80A potrafi zredukować poziom kwasu foliowego w postaci THF nawet o 50%, co może łączyć się z występowaniem białaczek…ale w ZD, gdzie jest on potrojony nie musi to być problemem. Wręcz odwrotnie nie mając polimorfizmu na tym genie, istnieje istotne zagrożenie zmianą funkcjonalności całego układu transportu komórkowego kwasu foliowego.

Innym genem, wpływającym zarówno na metabolizm genu MTHFR ale i BHMT to polimorfizm MTHFD1 G1958A. W różnych opracowaniach znajduje się informacja mówiąca o maksymalnym spowolnieniu jego aktywności do 40%. Jest to gen, który z postaci THF kwasu foliowego, produkuje kwas foliowy MTHF czyli z grupą metylową. Jego polimorfizm aktywizuje geny BHMT i MTR.

11.POLIMORFIZM MAT 1

Polimorfizm tego genu określa się jako hamujący, spowolniony. Kluczowym miernikiem jest tutaj poziom metioniny, który może sugerować specyfikę tego polimorfizmu.

http://www.zespoldowna.info/mat-1-i-wysoka-homocysteina.html

“Gdy poziom metioniny rośnie, to zawsze rośnie poziom homocysteiny, zatem następuje połączenie dwóch “problemów”, przy czym sama metionina nie jest problemem, ale wysoka homocysteina już taki problem dla układu nerwowego stanowi.”

WNIOSKI:

1.Są to “dane” techniczne, które dają tylko pewien teoretyczny obraz jak może funkcjonować pewien metabolizm w organizmie. Podkreślam TEORETYCZNY OBRAZ.

2.Musi być on zweryfikowany o aktywności innych genów, których tutaj nie wspomniałem.

3.Musi on uwzględniać funkcjonowanie absorpcji poszczególnych witamin i minerałów, gdyż one są przez geny wykorzystywane i one też je “napędzają”

4.Absorpcja ma miejsce w jelitach, stąd stan jelit i mikrobioty jest tutaj kluczowy. Stan zapalny jelit zawsze hamuje cały proces.

5.Są też geny jak PEMT, metylotransferazy, które korzystają z metylacji. Ich dysfunkcyjność może hamować całą metylację.

6.W efekcie nie da się diagnozować całego procesu poprzez poznanie “1 cm” całego bardzo długiego procesu, tak jak większość z Was to robi badając tylko i wyłącznie polimorfizm genu MTHFR. To może być przysłowiowy początek tego procesu poznawczego, ale nie może być to jedyna część naszej aktywności zmierzającej do poznania samego siebie.